二代16S/18S/ITS測序是通過提取環(huán)境樣品的DNA,選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目標(biāo)區(qū)域,通過高通量測序技術(shù)對目標(biāo)區(qū)域進行測序,檢測目標(biāo)區(qū)域的序列變異和豐度,以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
16S rDNA測序: 16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區(qū)和9個高變區(qū),保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系,高變區(qū)反映物種間的差異。對16S rDNA某個高變區(qū)進行測序,用于研究環(huán)境微生物中的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
18S rDNA測序: 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,18S rDNA也包含可變區(qū)和保守區(qū)。對18S rDNA某個高變區(qū)進行測序,用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落多樣性。
ITS測序: ITS分為兩個區(qū)域ITS1和ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間,ITS2位于真核生物 rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進行測序,用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。