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產(chǎn)品與服務(wù)
PRODUCTS & SERVICE

二代16S/18S/ITS測序

  • 產(chǎn)品簡介
  • 樣本要求
  • FAQ


二代16S/18S/ITS測序是通過提取環(huán)境樣品的DNA,選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目標(biāo)區(qū)域,通過高通量測序技術(shù)對目標(biāo)區(qū)域進行測序,檢測目標(biāo)區(qū)域的序列變異和豐度,以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。


16S rDNA測序: 16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區(qū)和9個高變區(qū),保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系,高變區(qū)反映物種間的差異。對16S rDNA某個高變區(qū)進行測序,用于研究環(huán)境微生物中的群落結(jié)構(gòu)多樣性。


18S rDNA測序: 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,18S rDNA也包含可變區(qū)和保守區(qū)。對18S rDNA某個高變區(qū)進行測序,用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落多樣性。


ITS測序: ITS分為兩個區(qū)域ITS1和ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間,ITS2位于真核生物 rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進行測序,用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。


   

核酸樣本:


產(chǎn)品類型文庫類型核酸樣本送樣要求
二代宏基因組測序350 bp小片段文庫樣本類型:無蛋白和 RNA 污染的樣品
樣品需求量:≥0.5 μg
樣品濃度:≥5 ng/μL

樣品純度:

OD260/280=1.6~2.2

OD260/230=0.8~2.2

環(huán)境樣本:


環(huán)境樣品種類送樣量備注
土壤類
普通土壤250-500 mg/管建議每個樣本取3~5管以上備份
根際土壤
淤泥/污泥
糞便類
大型動物糞便100-200 mg/管
小型動物顆粒糞便3粒
腸道內(nèi)容物100-200 mg/管
濾膜類水體濾膜過濾5-10 L
拭子類拭子類2-3個拭子棉簽頭/管
唾液類唾液類2-5 mL
其他

建議樣本多制備幾份

       
  • Q:擴增子與宏基因組的區(qū)別?
    A:
    擴增子測序是目標(biāo)區(qū)域測序,包括16S、18S、ITS測序,關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成,該技術(shù)價格較低,實用性強。宏基因組為全基因組測序,不局限于細菌,真菌、病毒等各類物種,主要關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息,該技術(shù)價格相對較高。

  • Q:不同環(huán)境樣本數(shù)據(jù)量要求?
    A:
    簡單環(huán)境(如糞便、發(fā)酵液等)測序數(shù)據(jù)量一般推薦為5萬tags;復(fù)雜環(huán)境(如土壤、海水)等推薦數(shù)據(jù)量為10萬tags以上。